La Secretaría Académica del Instituto tiene como su responsabilidad principal apoyar al personal académico y a la Dirección del Instituto.

Se encarga de mantener información actualizada sobre la situación del personal académico, así como de apoyarlos en trámites diversos, como: los concursos de plazas, renovación de contratos y promociones, entre otros. Asimismo, es el enlace con instancias externas tales como la DGAPA y el CONACYT.

Se encarga de convocar y organizar las elecciones para los representantes del personal académico ante los cuerpos colegiados, tales como el Consejo Interno, Comisión Dictaminadora, los Comités de los Posgrados y ante los Consejos Académicos.

La Secretaría Académica es responsable del Programa Editorial del IBUNAM y coordina las actividades de las bibliotecas a través del Coordinador de Bibliotecas.

Asimismo, es responsable de la Oficina de Vinculación y del Laboratorio Regional de Biodiversidad y Cultivo de Tejidos Vegetales, del IBUNAM, en Tlaxcala.

Es responsable del registro de estudiantes, estancias de investigación y de la emisión de credenciales. También coordina el registro de programas de Servicio Social propuestos por el personal académico ante la DGOAE.